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Die Universität Basel pflegt zu vier Institutionen eine besondere Beziehung: Das , das  (FMI), die Stiftung  und das , die als assoziierte Institute intensiv und zu beiderseitigem Nutzen mit verschiedenen Fakultäten und Forschungsgruppen der Universität zusammenarbeiten.

Das  (Swiss TPH) ist eine weltweit führende Forschungsinstitution für globale Gesundheit mit den Kernbereichen Parasitologie, Infektionsbiologie, Gesundheitssysteme und Public Health. Die Forschung am Swiss TPH ist interdisziplinär und umfasst ein sehr breites Spektrum. Ein wichtiges Thema ist die Erforschung armutsbedingter Krankheiten wie Malaria, Schlafkrankheit oder Tuberkulose. In aktuellen Forschungsprojekten werden die Auswirkungen von Pestiziden in Südafrika auf die Gesundheit von Kindern, der Grad der Luftverschmutzung in Teheran oder die Auswirkungen des Rauchverbots auf die Gesundheit der im Schweizer Gastgewerbe tätigen Mitarbeiter untersucht. Auch Themen wie die Strahlung von Mobiltelefonen und deren Auswirkungen auf Kinder, oder der Hitzesommer von 2018 und seine Folgen werden erforscht.

Das  (FMI) ist ein biomedizinisches Forschungsinstitut von Weltrang, das Grundlagenforschung im Bereich Molekularbiologie betreibt. Kernthemen des FMI sind die Bereiche Neurobiologie, Quantitative Biologie und Epigenetik. Das FMI ist der Universität Basel und dem  (NIBR) angeschlossen.

 ist ein praxisorientiertes Friedensforschungsinstitut, das bewaffnete Konflikte und analysiert und Strategien entwickelt, um die Prävention von Konflikten und deren friedliche Transformation zu verbessern. Swisspeace betreibt innovative Forschung, gestaltet Diskurse zur internationalen Friedenspolitik und entwickelt neue Methoden der Friedensförderung. Es bietet Plattformen für den Dialog zwischen Friedensförderern, Forschern und Praktikern aus den Bereichen Friedensförderung, humanitäre Hilfe, Entwicklungszusammenarbeit und Sicherheit sowie zwischen Konfliktparteien. Swisspeace organisiert seit 2017 das jährliche .

Das    (SCAHT) liefert den schweizerischen Behörden, den Medien, der Öffentlichkeit und Dritten kompetente Beratung und Dienstleistungen im Bereich der regulatorischen Toxikologie. Das Zentrum fördert die Forschung in angewandter Humantoxikologie und unterstützt den Austausch von Informationen und Daten zwischen den einzelnen toxikologischen Fachbereichen. Das SCAHT wird vom Schweizerischen Bund finanziert und von den Universitäten Basel, Genf, Lausanne und der Hochschule für Life Sciences FHNW unterstützt. 

Das  ist ein unabhängiges gemeinnütziges Kompetenzzentrum, das weltweit an Prävention und Bekämpfung von Korruption arbeitet und Hilfe beim Aufbau starker Governance-Strukturen bietet. Es betreibt Forschung zur Korruptionsbekämpfung, um Zukunftsstrategien zu entwickeln und zu implementieren. Projektthemen sind die Unterstützung bei der Rückgewinnung von Vermögenswerten, Korruptionsbekämpfung durch das International Centre for Collective Action (ICCA), Compliance- und Corporate Governance-Beratung und Krisenmanagement, Technische Unterstützung im Bereich Public Finance Management (PFM) sowie multidisziplinäre nachrichtendienstliche Maßnahmen zur Bekämpfung der Finanzkriminalität im illegalen Handel mit Wildtieren.

Die Universität Basel ist eng vernetzt mit zahlreichen Institutionen der Stadt Basel und den umliegenden Kantonen. Sie pflegt Forschungskooperationen und ist auch Mitbegründerin von diversen Einrichtungen. Das Spektrum des wissenschaftlichen Austauschs und der Zusammenarbeit erstreckt sich von archäologischen über naturwissenschaftliche, linguistische und medizinische Themen bis hin zur Pharmaindustrie und verschiedenen Fachbereichen der Fachhochschule Nordwest.

Im  (D-BSSE) werden Design und Programmierung komplexer biologischer Systeme vom Nanobereich bis hin zu ganzen Organismen erforscht. Ziele sind die Umsetzung der Forschungsergebnisse in biomedizinische und industrielle Anwendungen sowie die Entwicklung neuer Verfahren und Produkte in der Biotech-Branche, der chemischen und pharmazeutischen Industrie. Der Standort Basel als Zentrum der Life Sciences in Europa ermöglicht die Zusammenarbeit mit Spitälern, Industrie und weiteren akademischen Partnern in den Bereichen Personalisierte Medizin, Molecular System Engineering und Data Science.

Der Kanton Aargau unterstützt mit den  des  (SNI) der Universität Basel mit jährlichen Zuwendungen seit 2009. Durch diese innovative Form von Public-Public-Partnership wird exzellente Grundlagenforschung unterstützt und der Wirtschaft ein direkter Zugang zu Spitzentechnologie ermöglicht. Ziel ist die Umsetzung der Forschungsresultate auf Weltniveau am SNI in marktfähige Produkte.

Die  wurde von der Universität Basel gemeinsam mit dem Kanton Aargau gegründet und gehört zum Departement Altertumswissenschaften der Universität Basel. Die Professur arbeitet auch mit den naturwissenschaftlichen Bereichen der  (IPNA) des Departements Umweltwissenschaften zusammen. Schwerpunkte sind die den römischen Fundstellen im Kanton Aargau mit den Siedlungen Vindonissa und Augusta Raurica (Kaiseraugst).

Das  ist das grösste Forschungsinstitut für Natur- und Ingenieurwissenschaften in der Schweiz und betreibt Spitzenforschung in den Bereichen Materie und Material, Mensch und Gesundheit sowie Energie und Umwelt. Es werden nachhaltige Lösungen für zentrale Fragen aus Gesellschaft, Wirtschaft und Wissenschaft durch Grundlagen- und angewandte Forschung entwickelt.

Das  ist Ansprechpartner für KMU, die an neuester Technologie interessiert sind und Beratung zu Projekten, Digitalisierung oder fachlichen Austausch suchen. Schwerpunkte des Zentrums sind Innovationsberatung, Nanotechnologie und Energietechnologie.

Die  (FHNW) besteht aus neun Hochschulen, die sich an den Hauptstandorten Basel, Muttenz, Brugg-Windisch und Olten befinden. Ihre Forschenden betreiben anwendungsorientierte Forschung und Entwicklung und fördern den Transfer von Forschungsergebnissen in die Praxis. Zwischen FHNW und Universität Basel gibt es zahlreiche Interaktionen; so wurde das gemeinsame  gegründet, in den Life Sciences gibt es zahlreiche gemeinsame Forschungsprojekte und bezüglich des Doktoratsstudiums wurde eine Kooperationsvereinbarung getroffen.

Das  (IOB) wurde 2018 von der Universität Basel, dem Universitätsspital Basel und Novartis gegründet. Das IOB wurde als Stiftung eingerichtet, um den Forschenden akademische Freiheit zu gewährleisten. Grundlagenforschende und Kliniker arbeiten Hand in Hand, um das Verständnis des Sehens und seiner Krankheiten zu fördern und neue Therapien gegen Sehverlust zu entwickeln. Schwerpunktthemen sind Netzhauterkrankungen wie etwa Makuladegeneration, Glaukom und die weltweit zunehmende Kurzsichtigkeit.

Das  (BRCCH) wurde von der Universität Basel und der ETH Zürich gegründet und ist seit 2019 in Betrieb. Das BRCCH hat die Vision, sich als führende Institution für anwendungsorientierte Spitzenforschung zu etablieren und durch seine Projekte die Gesundheit und das Wohlbefinden von Kindern und Jugendlichen in der ganzen Welt zu verbessern. Der Schwerpunkt liegt auf digitalen Lösungen mit Fokus auf künstlicher Intelligenz und Innovation in der Pädiatrie.

Die  mit Hauptsitz in Basel ist einer der grössten Pharmakonzerne der Welt und gehört mit 13'600 Mitarbeitenden aus über 100 Nationen zu den bedeutendsten privaten Arbeitgebern der Schweiz. Das Biotech-Unternehmen bietet neue Krebstherapien an, entwickelt zielgerichtete Therapien in Kombination mit entsprechenden Diagnostika und fördert ein aktives Gesundheitsmanagement. Der Schwerpunkt in Forschung und Entwicklung liegt in den Fachgebieten Onkologie, Virologie, Neurologie und Transplantationsmedizin.

Die  entstand 1996 durch Fusion aus Ciba-Geigy AG und Sandoz AG ist einer der grössten Pharmakonzerne der Welt. Kernkompetenz des Unternehmens sind Forschung und Entwicklung von neuartigen Medikamenten. In Basel ist der Unternehmenssitz sowie der Hauptsitz der globalen Division Innovative Medicines angesiedelt. Novartis fördert ihre wissenschaftliche Kompetenz und Innovationsfähigkeit durch Kooperationen mit Spitälern, Unternehmen und akademischen Institutionen und hat etwa mit der Universität Basel und dem Universitätsspital Basel zusammen das  (IOB) gegründet. Im  (NIBR) arbeiten interdisziplinäre Teams an leistungsstarken neuen Technologien zur Entwicklung von neuartigen Behandlungen. Innerhalb des NIBR arbeiten die Forschenden des  (NITD) an Wirkstoffen zur Bekämpfung tropischer Infektionskrankheiten.

Das Pharmaunternehmen , ein Spin-off von Actelion, hat seinen Hauptsitz in Allschwil und betreibt Wirkstoffforschung, Entwicklung und Herstellung von pharmazeutischen, biologischen und diagnostischen Produkten. Idorsia entwickelt Medikamente für die Therapiebereiche Zentralnervensystem, Herz-Kreislauf- und Immunkrankheiten sowie seltene Krankheiten.