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Im werden die rechtlichen Bedingungen für genetische Ressourcen festgelegt, die eine Vielzahl von Elementen umfasst, wie DNA, RNA, Tiere, Pflanzen, Bakterien und andere Organismen sowie deren Bestandteile wie Viren, Zellen und Mitochondrien, die genetisches Material enthalten. Eine entscheidende Prämisse des Protokolls besteht darin, dass jegliche Vorteile, die aus der Forschung oder Entwicklung an genetischen Ressourcen entstehen, fair und gerecht mit dem Land geteilt werden sollten, das diese Ressourcen bereitgestellt hat. Selbst wenn diese Vorteile kommerzieller Natur sind und zu einer wirtschaftlichen Nutzung eines entwickelten Produkts führen, soll eine angemessene Kompensation an das Ursprungsland fließen. Souveräne Rechte über tierische, pflanzliche und genetische Ressourcen innerhalb ihrer nationalen Gerichtsbarkeit liegen in der Verantwortung der einzelnen Staaten.
Das Nagoya-Protokoll verfolgt das Ziel der globalen Bewahrung und nachhaltigen Nutzung der biologischen Vielfalt. Dieses bedeutsame Abkommen gewährt sowohl den Forschenden als auch den Geberstaaten eine solide rechtliche Grundlage und schafft somit Sicherheit und Stabilität.

Am 29. Oktober 2010 wurde das Nagoya-Protokoll in Nagoya, Japan, zur Umsetzung der Ziele der UN-Konvention über biologische Vielfalt beschlossen. Nach der Ratifizierung durch 50 Staaten, einschließlich der Schweiz und der Europäischen Union, trat das Protokoll am 12. Oktober 2014 in Kraft. In der Schweiz verabschiedete der Bundesrat am 11. Dezember 2015 die , in der die Regelungen über genetische Ressourcen im Natur- und Heimatschutzgesetz angepasst wurden und die Umsetzung des Nagoya-Protokolls im Land gewährleistet wird.

Anlässlich der Biodiversitätskonferenz 2022 erhoben Entwicklungsländer die Forderung nach einer Erweiterung des Nagoya-Protokolls, um es nicht nur auf physische Pflanzen und Tiere, sondern auch auf das sequenzierte Erbgut anzuwenden. Die Herkunftsländer sollten an den Erträgen aus der Genetik von Pflanzen und Tieren beteiligt werden. Auf der Biodiversitätskonferenz im Herbst 2024 soll u.a. ein multilateraler Mechanismus für die faire und gerechte Aufteilung der Vorteile aus der Nutzung digitaler Sequenzinformationen über genetische Ressourcen festgelegt und umgesetzt werden.

An der Universität Basel sind für die Einhaltung der Vorgaben des Nagoya-Protokolls die Gruppenleitenden der entsprechenden Forschungsgruppen verantwortlich.